En 1992, se inauguró el Centro Cardiovascular de Puerto Rico y el Caribe, donde se encuentra el Programa de Cardiología de Adultos de la Escuela de Medicina. Se inauguró también el Centro de Recursos para el Aprendizaje (CRA), que posteriormente sería conocido como entro de Informática y Tecnología (CIT) de la Escuela de Medicina.
En el 1993 comenzó la reforma de salud gubernamental que impactó de forma significativa los talleres de enseñanza clínica y forzó la necesidad de reorganizar la educación médica graduada. Esto modificó la relación histórica entre el Departamento de Salud y la Escuela de Medicina de la UPR; lo que representó un reto grande para el liderato académico y la facultad. Bajo el liderato de la Decana de Medicina, Dra. Nilda Candelario, se llevó a cabo una reforma curricular que se caracterizó por el énfasis en la medicina primaria y preventiva, en adición a la incorporación de nuevas estrategias educativas. Inicia el programa Hispanic Center of Excellence (HCOE, Centro Hispano de Excelencia).
Desde 1995, con el liderato del Decano de Medicina, Dr. Ángel Román Franco, la orientación académica de la Escuela de Medicina se ha caracterizado por una revisión curricular continua. Se redujo considerablemente el tiempo lectivo en las ciencias básicas, con una filosofía educativa que propicia que el estudiante de medicina se convierta en un autodidacta, aumento en los estándares educativos mediante nuevos requisitos de promoción y graduación, incremento sustancial de la informática educativa, y un proceso donde los estudiantes se onvierten en el centro y sentido del esfuerzo educativo.
Para 1998, después de una extensa revisión del currículo de los dos primeros años de medicina, se aprobó un cambio curricular importante donde la actividad docente se ofrece en las mañanas dejando más tiempo libre para autoestudio en la tarde excepto aquellas donde hay actividades que se definían como de aprendizaje activo por ejemplo los cursos de Seminario de Integración I y II, el de Introducción a Destrezas Clínicas y Fundamentos de Diagnóstico Clínico y se empezaron a dar pasos para la educación por medios tecnológicos.