Los objetivos de la Academia son los siguientes:
- Promover de forma activa los principios universales humanísticos de fraternidad y solidaridad que son consubstanciales al arte y a la ciencia de la medicina.
- Fomentar el desarrollo e integración de los saberes y valores humanísticos en el currículo de estudiantes de medicina y de ciencias biomédicas y los programas de residencia.
- Estimular la participación de la facultad, los estudiantes y los residentes en actividades que promuevan y promulguen los aspectos humanísticos de la medicina y las ciencias.
- Apoyar las diversas gestiones que se realizan en la Escuela, en el RCM y en la UPR de naturaleza humanística.
- Establecer, a nivel del RCM, una relación formal de colaboración con el Instituto Hostosiano de Bioética y el Instituto de Historia de las Ciencias de la Salud.
- Promover la coordinación de las diversas actividades curriculares y extracurriculares de la Escuela en la cual las humanidades tienen un papel importante como fuente y expresión de valores universales.
- Establecer un programa de desarrollo de facultad en el área de las humanidades en la medicina y la ciencia.
- Llevar a cabo actividades que enaltezcan los valores y principios humanísticos y dar reconocimiento a las personas e instituciones que se destacan en el fomento y desarrollo de las humanidades en la medicina y las ciencias médicas.
- Fomentar un ambiente solidario que estimule el diálogo franco y establecer un programa institucional que le brinde a la facultad y a los estudiantes, residentes y egresados oportunidades para desarrollarse formalmente en las humanidades.